生化学・分子生物学の本：たまの週末：SSブログ

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生化学・分子生物学の本　[科学、数学] [編集]

カラー図解アメリカ版新・大学生物学の教科書第３巻生化学・分子生物学（ブルーバックス）
という本を買いました。
ブルーバックスなのに、2千円もするので、迷っていたのですが、mRNAワクチンとかPCRとか、最近の話題についていけるように読んで見ることにしました。

絵が綺麗

PCRによるDNA断片の増幅
PCR

カラー図解アメリカ版新・大学生物学の教科書は、千ページ以上ある米国の生物学教科書『LIFE』（11 edition）から「細胞生物学」、「分子遺伝学」、「分子生物学」の３つの分野を抽出して翻訳したもので、分子生物学は、第14章「エネルギー、酵素、代謝」から始まります。

生物は、化学反応に伴うエネルギーなどを利用しますが、最近は、フリーのソフトで分子式からパソコンで量子化学（Quantum Chemistry）計算を行って、エネルギーを求めたりすることができるらしいです。

ケモインフォマティクス（Cheminformatics）の代表的なオープンソースのRDKitと量子化学計算ソフトのPsi4の両方を利用できる便利なPsikit ( https://github.com/Mishima-syk/psikit ) というのを使ってみました。

GitHubにインストールの方法が出ています。
https://github.com/Mishima-syk/psikit

psi4は、
https://psicode.org/installs/v14/
で、OSの種類、インストール方法、Pythonのバージョン、psi4のバージョンを指定すると、インストール用のスクリプトが、
conda install psi4 python=3.7 -c psi4
のように表示されますので、こちらを使用します。
あと、respは、pipで入れないと動かない（Install resp from github repository (resp from conda doesn't work)）と書いてありましたが。試しにcondaで入れたもので動いてしまいました。
ということで、下記の5行でインストールは、完了

conda install psi4 python=3.7 -c psi4
conda install -c rdkit rdkit
conda install -c conda-forge debtcollector
conda install -c psi4 resp
conda install -c iwatobipen psikit

グルコース（glucose）C₆H₁₂O₆の計算をやってみました。
分子式は、SMILES ( simplified molecular input line entry system )で指定します。（glucoseは、 'OC[C@@H](O1)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)1' ）

---
from rdkit.Chem import rdMolTransforms
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from psikit import Psikit
from IPython.display import Image, display_png

pk = Psikit()
smi = 'OC[C@@H](O1)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)1' # glucose
pk.read_from_smiles(smi)
pk.mol

---
open PyMol
run "frontier.py" from File -> Run Script