新型コロナウイルス [ヨコハマ]
新型コロナウイルス
心配です。
いろいろな人が集まるイベントは、中止になっているのに、通勤電車は、相変わらず満員だし。
どこに行っても、マスク売っていないし...
今回の新型ウイルスの流行では、中国は、ネット上に積極的に情報を公開しているようです。
中国疾病预防控制中心 （中国疾病予防管理センター）
新型冠状病毒肺炎疫情分布 http://2019ncov.chinacdc.cn/2019-nCoV/global.html
National Genomics Data Center には、各国の感染者のウイルスの遺伝子配列のデータも公開されています。
2019 Novel Coronavirus Resource
https://bigd.big.ac.cn/ncov/?lang=en
R言語のggmsa （Plot Multiple Sequence Alignment using 'ggplot2' : https://cran.r-project.org/web/packages/ggmsa/index.html )というライブラリを使って、2019 Novel Coronavirus Resourceにあるデータから新型コロナウイルスの系統樹を作ってみました。
新型コロナウイルスには、遺伝子の違うグループがいくつかあって、だいたい地域ごとにグループがわかれていることがわかります。
（左下に日本で発見されたウイルスのグループがあります。）
心配です。
いろいろな人が集まるイベントは、中止になっているのに、通勤電車は、相変わらず満員だし。
どこに行っても、マスク売っていないし...
今回の新型ウイルスの流行では、中国は、ネット上に積極的に情報を公開しているようです。
中国疾病预防控制中心 （中国疾病予防管理センター）
新型冠状病毒肺炎疫情分布 http://2019ncov.chinacdc.cn/2019-nCoV/global.html
National Genomics Data Center には、各国の感染者のウイルスの遺伝子配列のデータも公開されています。
2019 Novel Coronavirus Resource
https://bigd.big.ac.cn/ncov/?lang=en
R言語のggmsa （Plot Multiple Sequence Alignment using 'ggplot2' : https://cran.r-project.org/web/packages/ggmsa/index.html )というライブラリを使って、2019 Novel Coronavirus Resourceにあるデータから新型コロナウイルスの系統樹を作ってみました。
library(Biostrings)
library(ape)
library(ggtree)
library(ggmsa)
sequences = "2019nCoV_20200219.fasta"
x = readAAStringSet(sequences)
d =as.dist(stringDist(x, method = "hamming")/width(x)[1])
tree = bionj(d)
p =ggtree(tree, lwd=0.1, layout="daylight",branch.length='none' )
+ geom_tiplab(align = FALSE, geom = "text", size=3)
p
新型コロナウイルスには、遺伝子の違うグループがいくつかあって、だいたい地域ごとにグループがわかれていることがわかります。
（左下に日本で発見されたウイルスのグループがあります。）
