涼しくなりました [相鉄沿線]
やっと涼しくなりました。
桜山もススキでいっぱいになっています。
こども自然公園でも、ナラ枯れの木が増えているからなのでしょうか、猛毒のカエンタケが生えているのがみつかったそうです。
桜山もススキでいっぱいになっています。
こども自然公園でも、ナラ枯れの木が増えているからなのでしょうか、猛毒のカエンタケが生えているのがみつかったそうです。
光合成 [科学、数学]
今週末も雨だったので、家で「カラー図解アメリカ版新・大学生物学の教科書 第３巻 生化学・分子生物学 （ブルーバックス）」読みました。
光合成
植物が太陽の光のエネルギーを利用して、二酸化炭素と水から糖質と酸素を作ることは、よく知られていますが、光合成の過程で「クロロフィル蛍光」Solar-Induced chlorophyll fluorescence （SIF）という弱い光を発するらしいです。
この光を人工衛星で観測して、地球全体の光合成の様子を調べるFLEXという、プロジェクトがあるそうです。
The FLuorescence EXplorer (FLEX)
https://earth.esa.int/eogateway/missions/flex
Institut für Bio- und Geowissenschaften IBG-2: Pflanzenwissenschaften
https://optimise.dcs.aber.ac.uk/wp-content/uploads/Rascher-COST_Optimize-wide_screen-for_publishing_compressed.pdf
https://branblack3125.github.io/sifviz/map.html
SIFVIZ: Visualizing Solar-Induced Chlorophyll Fluorescence (SIF)
21世紀の生物学、すごい。
光合成
植物が太陽の光のエネルギーを利用して、二酸化炭素と水から糖質と酸素を作ることは、よく知られていますが、光合成の過程で「クロロフィル蛍光」Solar-Induced chlorophyll fluorescence （SIF）という弱い光を発するらしいです。
この光を人工衛星で観測して、地球全体の光合成の様子を調べるFLEXという、プロジェクトがあるそうです。
The FLuorescence EXplorer (FLEX)
https://earth.esa.int/eogateway/missions/flex
Institut für Bio- und Geowissenschaften IBG-2: Pflanzenwissenschaften
https://optimise.dcs.aber.ac.uk/wp-content/uploads/Rascher-COST_Optimize-wide_screen-for_publishing_compressed.pdf
https://branblack3125.github.io/sifviz/map.html
SIFVIZ: Visualizing Solar-Induced Chlorophyll Fluorescence (SIF)
21世紀の生物学、すごい。
カラー図解 アメリカ版 新・大学生物学の教科書 第3巻 生化学・分子生物学 (ブルーバックス)
- 出版社/メーカー: 講談社
- 発売日: 2021/04/15
- メディア: 新書
生化学・分子生物学の本 [科学、数学]
カラー図解アメリカ版新・大学生物学の教科書 第３巻 生化学・分子生物学 （ブルーバックス）
という本を買いました。
ブルーバックスなのに、2千円もするので、迷っていたのですが、mRNAワクチンとかPCRとか、最近の話題についていけるように読んで見ることにしました。
絵が綺麗
PCRによるDNA断片の増幅
カラー図解アメリカ版新・大学生物学の教科書は、千ページ以上ある米国の生物学教科書『LIFE』（11 edition）から「細胞生物学」、「分子遺伝学」、「分子生物学」の３つの分野を抽出して翻訳したもので、分子生物学は、第14章「エネルギー、酵素、代謝」から始まります。
生物は、化学反応に伴うエネルギーなどを利用しますが、最近は、フリーのソフトで分子式からパソコンで量子化学（Quantum Chemistry）計算を行って、エネルギーを求めたりすることができるらしいです。
ケモインフォマティクス（Cheminformatics）の代表的なオープンソースのRDKitと量子化学計算ソフトのPsi4の両方を利用できる便利なPsikit ( https://github.com/Mishima-syk/psikit ) というのを使ってみました。
GitHubにインストールの方法が出ています。
https://github.com/Mishima-syk/psikit
psi4は、
https://psicode.org/installs/v14/
で、OSの種類、インストール方法、Pythonのバージョン、psi4のバージョンを指定すると、インストール用のスクリプトが、
conda install psi4 python=3.7 -c psi4
のように表示されますので、こちらを使用します。
あと、respは、pipで入れないと動かない（Install resp from github repository (resp from conda doesn't work)）と書いてありましたが。試しにcondaで入れたもので動いてしまいました。
ということで、下記の5行でインストールは、完了
conda install psi4 python=3.7 -c psi4
conda install -c rdkit rdkit
conda install -c conda-forge debtcollector
conda install -c psi4 resp
conda install -c iwatobipen psikit
グルコース（glucose）C6H12O6の計算をやってみました。
分子式は、SMILES ( simplified molecular input line entry system )で指定します。（glucoseは、 'OC[C@@H](O1)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)1' ）
---
from rdkit.Chem import rdMolTransforms
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from psikit import Psikit
from IPython.display import Image, display_png
pk = Psikit()
smi = 'OC[C@@H](O1)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)1' # glucose
pk.read_from_smiles(smi)
pk.mol
---
open PyMol
run "frontier.py" from File -> Run Script
という本を買いました。
ブルーバックスなのに、2千円もするので、迷っていたのですが、mRNAワクチンとかPCRとか、最近の話題についていけるように読んで見ることにしました。
絵が綺麗
PCRによるDNA断片の増幅
カラー図解アメリカ版新・大学生物学の教科書は、千ページ以上ある米国の生物学教科書『LIFE』（11 edition）から「細胞生物学」、「分子遺伝学」、「分子生物学」の３つの分野を抽出して翻訳したもので、分子生物学は、第14章「エネルギー、酵素、代謝」から始まります。
生物は、化学反応に伴うエネルギーなどを利用しますが、最近は、フリーのソフトで分子式からパソコンで量子化学（Quantum Chemistry）計算を行って、エネルギーを求めたりすることができるらしいです。
ケモインフォマティクス（Cheminformatics）の代表的なオープンソースのRDKitと量子化学計算ソフトのPsi4の両方を利用できる便利なPsikit ( https://github.com/Mishima-syk/psikit ) というのを使ってみました。
GitHubにインストールの方法が出ています。
https://github.com/Mishima-syk/psikit
psi4は、
https://psicode.org/installs/v14/
で、OSの種類、インストール方法、Pythonのバージョン、psi4のバージョンを指定すると、インストール用のスクリプトが、
conda install psi4 python=3.7 -c psi4
のように表示されますので、こちらを使用します。
あと、respは、pipで入れないと動かない（Install resp from github repository (resp from conda doesn't work)）と書いてありましたが。試しにcondaで入れたもので動いてしまいました。
ということで、下記の5行でインストールは、完了
conda install psi4 python=3.7 -c psi4
conda install -c rdkit rdkit
conda install -c conda-forge debtcollector
conda install -c psi4 resp
conda install -c iwatobipen psikit
グルコース（glucose）C6H12O6の計算をやってみました。
分子式は、SMILES ( simplified molecular input line entry system )で指定します。（glucoseは、 'OC[C@@H](O1)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)1' ）
---
from rdkit.Chem import rdMolTransforms
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from psikit import Psikit
from IPython.display import Image, display_png
pk = Psikit()
smi = 'OC[C@@H](O1)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)1' # glucose
pk.read_from_smiles(smi)
pk.mol
---
open PyMol
run "frontier.py" from File -> Run Script
カラー図解 アメリカ版 新・大学生物学の教科書 第3巻 生化学・分子生物学 (ブルーバックス)
- 出版社/メーカー: 講談社
- 発売日: 2021/04/15
- メディア: 新書
